受河流和大气降水补给，水量丰富，埋深较浅；基岩裂隙水广泛分布于横峰至永平以及武夷山至南平段剥蚀丘陵区及铅山至武夷山段剥蚀低山区，主要接受大气降水及各种地下水补给, 沿裂隙、断层径流，以泉等形式排泄于低洼处,一般不丰富，在断层破碎带附近局部水量极为丰富。
由于线路主要是沿河流阶地或低山、丘陵穿行，工程地质条件较好，依据线路所经地区的工程地质特点，分为冲积阶地区、剥蚀丘陵区、剥蚀低山区三个区。