城市地下轨道（轨道4、5、6号线）交通，交通换乘大厅，交通接驳设施（长途汽车、常规公交、出租车、社会车辆等场站设施）及口岸设施，综合开发等，是深圳市最重要的客运交通枢纽，枢纽车站南北方向布置。国铁站房及轨道将拟建的枢纽地铁分为东西两大部分，即东广场和西广场。整体上枢纽地块形成三部分：即铁路站场、枢纽东广场、枢纽西广场，东广场设计标高80 m，西广场设计标高90 m。新深圳站基本上是南北方向稍偏西，场地西部布设入口在东侧，其轨顶标高为80.29m，站台标高为81.54m，站厅标高在90m，站台设在80m，4、6号线龙华站平行铁路站台与新区大道以高架站形式布置于枢纽东广场，在新深圳站东广场二层大平台（绝对标高90m）设置4、6号线站厅公共区，站台设于大平台上面高架三层（绝对标高103m左右）。
轨道交通5号线，横穿深圳市东西纬线，其龙华站垂直于地铁4、6号线和新深圳站站台布置，站台位于地下一层，轨顶控制标高为71m，站厅设于地面（绝对标高80m处）与地铁4、6号线“十字”换乘。
新区大道位于4、6号线与新深圳火车站之间，位于5号线下方，地下二层与枢纽内部无人流车流交换，最大下穿高度为17m。
场内东西穿越既有的平南铁路改移后紧靠留仙大道，按双线设计并与客运站垂直布置，地下穿越枢纽场区，控制轨顶标高为69.04m。
