根据初步设计概算经验，除勘查设计费、工程标底编制费、监理费、工程招投标管理费、工程招投标代理服务费、初步设计审查费等常见费用外，还有几项容易遗漏或界定较困难的费用，可归结为九项，具体如下（以北京市为例）：
（一）城市基础设施建设费（市政公用设施建设费和城市基础设施“四源”建设费）
城市基础设施建设费包括市政公用设施建设费和城市基础设施“四源”建设费两项费用。市政公用设施建设费是为居住小区服务的公共设施和生活服务设施的建设费用，包括教育、医疗卫生、文化体育、商业服务、金融邮电、社区服务、行政管理、市政公用设施。这项费用是由各地人民政府根据国家的相关政策制定并颁布的收费项目。城市基础设施“四源”建设费指的是自来水厂、煤气厂、供热厂、污水处理厂建设费。这两项本来是独立的两项费用，政府为了深化城市建设改革，加快城市基础设施和住房建设，简化并规范有关建设费征收手续，合并征收市政公用设施建设费和城市基础设施“四源”建设费，将这两项费用合并为城市基础设施建设费共同征收。城市基础设施的适用范围包括本区行政区域内的建设项目，除实行有偿出让方式取得国有土地使用权且地价款中含基础设施建设费的项目外，建设单位均应按照规定缴纳城市基础设施建设费，本条规定是从2002年9月开始实行，至今有效。
（二）红线外大市政费用
红线外大市政费用是经规划部门批准建设的住宅小区用地规划红线以外的道路、供水、雨水、污水、电力、燃气（含生活用气及按北京市政府规定取消燃煤锅炉后供热用燃气）、电信、宽带、有线电视、中水（北京市政府规定新建小区必须做中水管道预埋）、绿化等工程发生的费用。这项费用包含的内容较多，费用的数额需要由项目建设方与国家各个职能部门进行协商确定。对于在规划市区内，如果地价款中已包含“大市政费”的土地有偿出让项目，则不另行征收“大市政费”。对于规划市区内的其他项目，按投资额的15%计征，但能源、交通、市政公用设施项目和学校、医院等免征“大市政费”，规划市区外的项目由各区、县政府参照执行。从目前情况来看，这项费用仍然有效。
（三）建设单位管理费
建设单位管理费是建设单位进行项目筹建、建设、联合试运转和验收总结等工作所发生的费用。主要包括：工作人员工资、工具附加费、劳保支出、差旅费、办公费、工具用具使用费、固定资产使用费、技术资料费、合同公证费、完工清理费、建设单位临时设施费和其他管理费用性质的开支。他是由各级人民政府根据财政部颁布的《基本建设财务管理规定》，并结合本地区的实际情况制定并计取的。该费用的适用范围是：政府投资项目要遵照执行，非国有建设单位可参照执行。他的有效期是从2004年发布起到新的相关规定出台前。与此项费用相关的费用还有项目代建费。 （四）项目代建费
项目代建费是由于国家目前大力推行的政府投资项目实施项目代建制所产生的一项费用。也就是说如果该政府投资项目由政府相关主管部门自己来进行建设管理，仍然对项目记取建设单位管理费。只有在政府投资项目实行代建制时才会发生项目代建费。项目代建费和项目管理费指的是相同作用的费用。只是在不同的前提条件下的费用名称不同。应当注意进行概算时这两项费用不会同时存在于一个项目中。
（五）特种设备检验检测费
该项费用是根据国务院颁布的《特种设备安全监察条例》，由各个城市的发展改革委员会根据所在城市的实际情况制定的收费办法。自2005年6月20起开始试行。本项费用的适用范围包括在北京市行政区域内制造、安装、改造、维修和使用的特种设备的检验检测。详细内容包括许多方面，其中：锅炉、压力容器、压力管道、电梯等这几项设备的检测费用在初步设计概算中经常会遇到，尤其是电梯检测。其他几项属于其他行业的我就不再一一列举了。如果大家想详细了解该项费用的情况及费率，可以查找当地发展改革委员会发布的文件。
（六）实心粘土砖“限制使用费”
实心粘土砖“限制使用费”是由多个部门联合发布的。他的适用范围包括：在本市行政区域内新建、扩建和翻建的工业与民用建筑工程，在目前情况下，除内、外墙不使用实心粘土砖的现浇、预制钢筋砼结构外，其它结构建筑工程，均由建设单位依照规定缴纳实心粘土砖“限制使用费”。这项费用从2003年5月开始发布以来至今仍然有效。在初步设计概算中计取该项费用应当注意，对已缴纳实心粘土砖“限制使用费”的工程栋号，经变更设计，施工采用了新型墙体材料（除实心粘土砖外，均视为新型墙体材料），结构工程完成后，建设单位持设计、施工单位出具的证明及原专用已收款凭证，向市节能墙改办申报，经核实后，进行返还。
（七）施工噪声扰民费
对于一些施工场地在施工过程中对周围居民的正常生活造成干扰，被居民以施工干扰正常生活为由，对其夜间施工提出投诉的，建设单位、施工单位应当向工程所在地的环保部门申请，由环保部门按国家规定的噪声值标准进行测评。施工噪声超过标准值时，环保部门应当确定噪声扰民的范围，并出具测定报告书。凡经环保部门测定，并确定补偿范围和签订补偿协议的，签约双方应当按照协议认真执行，不得以任何理由违约。有些情况是例外的例如因各类抢险施工造成噪声扰民的，对附近居民不予补偿。由抢险工程所在地的政府负责组织有关部门做好抢险工程周围居民的工作，确保抢险工程顺利进行。本条规定自1996年由政府颁布以来一直有效。
（八）地下水资源费
我国于1989年颁布了一项“地下水资源养蓄基金”，到1996年北京又出台关于《进一步加强地下水资源管理的有关问题通知》，大家可以看出由“地下水资源养蓄基金”到地下水资源费，范围变宽，最初的“地下水资源养蓄基金”已经在维持原收费标准不变的情况下合并计入“地下水资源费”一起收费。地下水资源费是为加强本市地下水资源的养蓄和保护，控制地下水资源超量开采，依据规定征收的。凡本市城区、近郊区和远郊区的县城、建制镇、工矿区范围内的机关、团体、部队、企业、事业单位，因新建、改建、扩建项目使用自备井的（包括开凿新自备井）或经批准增加自备井用水量的，以及超计划使用自备井水的，都必须按规定交纳地下水资源费。从目前情况看，该项费用仍然需要缴纳。
（九）环境影响评估费
不是每个项目都会发生环境影响评估费，应该根据项目的不同情况来确定。我国的《环境影响评价法》中明确指出：对可能造成重大环境影响的项目建设方应当委托有一定资质等级的项目影响评价单位对项目可能会造成的重大环境影响进行全面评价，并编制环境影响报告书；对可能造成轻度环境影响的项目建设方，也应当委托有一定资质等级的项目影响评价单位对项目可能会造成的轻度环境影响进行评价，并编制环境影响报告表；而对于环境影响很小的项目，则不需进行环境影响评价，只需在相关部门填写环境影响登记表就行了。
