就像大多数支护方法一样，预应力锚杆柔性支护技术不是普遍适用的,必须清楚的了解其局限性。在通常情况下，通过恰当的设计或施工预防措施，从技术上可以解决这些局限性，但这样又往往导致该方法不再具有经济实用的特点。
（1）锚杆施工要求在土体中形成一般为2m左右高的路堑。因此，土体必须有一定程度的天然“粘结”和胶结，否则就需要进行掏槽、护道或减少路堑开挖层高度以稳定开挖面，这就增加了施工的复杂性和施工费用。
（2）现场需要有允许设置锚杆的地下空间。在城市中心地带，拟开挖基坑邻近的建筑有地下室或建筑物基础且水平距离较小，锚杆无法设置，这时可用桩锚技术来完成支护，通过下调锚杆的位置和加大倾角使锚杆在地下室或建筑物基础下穿过。
（3）对钻孔困难的地层或限于当地设备条件而钻孔困难的地层，钻孔费用过高，导致整体造价提高。
（4）在软粘土或易发生蠕变的粘土等土层，由于锚杆在这些土层中的摩阻力低，锚杆不可能有效的发挥其支撑能力，为了保持足够的稳定水平，需要较长和高密度的锚杆，这在经济上是不合理的。
