新版《清单规范》规定，如发、承包双方在合同专用条款中作了具体约定，按合同执行，未作约定的，才 按照规范有关规定执行。因此，应在合同专用条款中，对可能引起纠纷的问题做出约定，这样在结算、审查以及发生经济纠纷时，就可按合同专用条款得约定执行。施工单位应将投标阶段记录下的有利和不利的因素及所采取的措施在合同中加以利用和规避，注意应注意以下方面。
①施工单位必须利用签订合同的机会，把工程量清单不准确不完善可能引起的变更、现场洽商签证，以及合同履行期间人工、材料、机械市场价格的变化等引起合同价格的各种变化，争取用相应的预防措施和解决方法用合同专用条款加以约定。
②针对工程量增减引起的措施费用如何调整的问题做出明确的约定。例如可以约定以下三种调整办法：在合同中约定“按工程措施费占工程总造价的比例调整”；或“按分部分项工程量清单报价乘以一定系数调整”；或者规定“一般情况下措施费用不调整，只是到工程量增减到一定程度再按一定方法调整”。
③应明确合同价款中包括的风险范围及允许对价款进行调整的范围。应当把风险费用的计算方法约定清楚。双方应约定一个百分比系数，也可采用绝对值法。对于风险范围以外的风险费用，也应约定调整方法。有关物价波动的范围、调价规则等，则需要在施工合同中做出明确、详尽的约定。
④应在合同中约定因非承包方责任导致的工期延长后产生的材料、设备、人工等的市场价格变动调整办法。通常合同中约定合同工期内的市场价格波动调整办法，但对工期延长后的市场价格波动，是否允许调整未作明确的说明，容易引起争议。
⑤双方应约定供应材料和设备的结算方法，材料设备供应的具体内容、品种、规格、数量、单价、质量等级、提供的时间和地点以及双方应承担的具体责任。业主提供设备材料时，应在合同中要求业主提供单价分析表。因为不少业主在施工招标文件中约定甲供材料的单价较低，施工单位在进入报价按单价较低的价格进入，而在实际施工中甲供材料的采购价却明显偏高在对甲供材料作抵扣时如不与之明确约定，往往会发生纠纷。
⑥明确结算方式。如果有多个工程，则应在条款中约定具体单个工程的结算和付款期限，以免业主将单个工程的结算拖延至整个工程完工后才进行。应对工程进度款按月付款或按工程进度拨付，如何申请拨付，需报何种文件，如何审核确定拨款数额以及双方对进度款认识不一致时如何处理做出详细规定。
⑦合同术语应界定清楚。如开工日期有“破土之日”、“验线之日”以及“业主通知为主”之说，竣工日期有“验收合格之日”、“交付使用之日”、“申请验收之日”之别。无论采用哪种，均应在合同中予以明确约定。
⑧不可抗力应量化。对自然灾害达到什么程度才能被认定为不可抗力，实践中发、承包双方很难达成共识。双方当事人在合同中应对可能发生的风、雨、震等自然灾害程度予以量化。
⑨合同中应约定担保条款，降低风险。如施工方在向业主提供履行担保的同时，也应要求业主向施工方提供工程款支付担保。业主支付担保的担保金额应与承包人履约担保的担保金额相等。如果没有约定担保条款，一旦工程款不能及时拨付，会给承包方带来损失。
总之，对施工单位而言，建筑市场僧多粥少以及工期长、技术复杂、资金投入量大等特点，经营风险很大。风险虽然难以避免，但通过正确、合理地运用法律的手段来保护自己，风险在很大程度是可以降低的。施工合同是依法保护发承包方利益的法律文件，施工企业应充分认识和积极行使法律所赋予的合法权利，并以此来保护自己合法权益。
