小谷围岛四面环水，沥滘水道与官洲道水道从南北两面流过，地貌以丘陵为主，地形起伏较大，沿线地质情况变化复杂。一般上层主要为淤泥、淤泥质粉细砂，厚度在1.2～5.6m间，呈流塑～软塑状；中层主要为粉细砂中砂类粘土,厚度在1.9～13m间；底层为泥质粉砂岩或混合岩。