本手册一共有四个分册。
第一分册 城镇居民生活源污染物产生、排放系数手册
涉及的污染物指标包括：生活污水量及其中的化学需氧量、五日生化需氧量、氨氮、总氮、总磷、动植物油；生活垃圾量；烟气及其中的烟尘、氮氧化物、二氧化硫；煤渣。第一分册共13项系数指标，534个核算系数，主要应用于第一次全国污染源普查城镇居民生活源污染物产生、排放量的核算。
第二分册 住宿餐饮业污染物产生、排放系数手册
住宿业涉及的污染物指标：污水包括污水量、化学需氧量、总磷、总氮、氨氮，固体废物为垃圾产生量，共6项系数指标；餐饮业包括污水量、化学需氧量、总磷、总氮、氨氮、动植物油，固体废物为垃圾产生量，共7项系数指标。第二分册共有7项系数指标，1287个核算系数，主要用于第一次全国污染源普查中住宿餐饮业的各种污染物产生量、排放量的核算。
第三分册 居民服务与其他服务业污染物产生、排放系数手册
洗染服务业涉及的污染物指标为污水量、化学需氧量、总磷、总氮4项；理发及美容保健服务业涉及指标污水量、化学需氧量、总磷、总氮、铅、汞6项；洗浴服务业涉及污水量、化学需氧量、总磷、总氮项；摄影扩印服务业涉及指标污水量、化学需氧量、氰化物、六价铬、总铬5项；汽车摩托车维护与保养业中洗车业涉及指标污水量、化学需氧量、石油类、总磷4项。第三分册共有10项系数指标，177个核算系数主要用于第一次全国污染源普查中居民服务和其他服务业中各类污染物产生量、排放量的核算。
第四分册 医院污染物产生、排放系数手册
涉及污染物指标：污水量、化学需氧量、五日生化需氧量、总磷、总氮、氨氮、汞、医疗废物产生量等8项。第四分册共有8项系数指标，399个核算系数，34个校核系数，主要用于第一次全国污染源普查中医院中各类污染物产生量、排放量的核算，以及用水量与医疗垃圾产生量的校核。