本书以环境微生物工程所涉及的环境微生物学基础和环境微生物工程实例为基本内容，相关的实验技术和工程技术贯穿其中，同时阐述了某些环境微生物工程最新的研究与应用成果，为从事环境微生物工程的基础研究和应用实践提供了技术思路和方法。
《环境微生物工程》教材主要适用于环境生物学专业或其他相关环境科学专业的高年级专业课程，也可供其他从事环境事业的科技、生产和管理人员参考使用。