在一期工程实施并完成以后，为巩固一期工程的环境效益、强化对巢湖市水源保护区的保护和进一步改善局部水域水质及恢复巢湖水生生态系统，需继续开展污染底泥疏挖及处置二期工程。
二期工程将继续对柘皋河入湖段和距中垾联圩的湖滨大道500m处湖区进行疏挖，同时将对一期疏挖区近岸带进行生态恢复；另外，结合巢湖东端水质与湖滨带生态现状，在西坝—烔炀河段进行湖滨带的生态恢复与建设工程，既削减了内源污染，有效保护了巢湖水源保护区，又形成“巢湖市湖滨带生态景观大道”特有的风景线。巢湖污染底泥疏挖及处置二期工程将底泥疏挖与湖滨带生态恢复与建设结合起来，是本工程一大特色，也是巢湖污染综合治理向纵深发展的必要工程举措。目前该工程已经批准立项并付诸实施。
根据建设项目环境管理程序及国家有关环境保护法规，2004年3月15日巢湖污染治理综合开发有限公司正式委托安徽省环境科学研究院对此工程项目进行环境影响评价工作，编制本工程的环境影响报告书。我院接受委托后，及时组织有关专业技术人员赴现场踏勘、调研，收集了有关工程技术资料，并进行了工程分析和环境影响预测，在此基础上依据国家有关规定及技术规范，编制了《巢湖污染底泥疏挖及处置二期工程环境影响报告书》，呈报环境保护主管部门审批。