1.高温灭菌法。是利用高温高压蒸汽消灭细菌的最常适用的一种方法。蒸汽在高温高压下具有穿透力强的优点，在103kPa、121oC条件下，维持20分钟，能杀灭一切微生物。高温灭菌法是一种简便、可靠、经济、快速和容易被公众接受的灭菌方法。
2.电磁波灭菌法。电磁波具有可穿透玻璃、陶瓷、纸张和可被水、脂肪、蛋白质等极性分子吸收的特点。其消灭细菌的原理是：利用微生物细胞选择吸收能量比例高的特性，将其置于电磁波高频振荡的能量场中，使微生物的液体分子以外加电场的频率振动，这种使细胞膜内的能量迅速增加，产生高温，最终导致细胞的死亡。
3.化学消毒法。此法较早用于医疗器械的消毒，也用于对房间消毒和对液体废物（如尿液、血液）的消毒。经化学消毒法处理后的废物可以同高温灭菌法和电磁波灭菌法一样，进行同样的后处理。即要么填埋，要么送往能量回收处理厂。
4.等离子体法。此法是处理医疗废物的一项创新技术，它消毒杀菌的原理是利用等离子体电弧窑产生的10000oC高温杀死医疗废物中的所有微生物、摧毁残留的细胞毒性药物、药品和有毒的化学药剂，并使之难以辨认。理论上，任何化合物在电弧窑都可转化为玻璃体状的物质，经这种方法处理后的医疗可以直接填埋，不会对环境造成危害，目前仅有深圳应用等离子体技术处理医疗垃圾。
