全国污染源普查手册通常包含以下内容：
一、前言
包括污染源普查的背景和意义，为什么需要进行污染源普查，普查的目的和意义等。
二、普查对象
普查对象包括哪些污染源，对于污染源采取了什么样的数据采集方式，如何分类污染源等。
三、普查内容
普查内容包括什么，如污染物排放情况、废水的水量、COD、BOD、PH值、温度、压强等指标，废气主要污染物浓度指标、排放口位置、存在的问题等，固体废物的类型、产生量、处理方式等。
四、普查方法
普查方法一般包括：数据来源、问卷调查、实地勘验、现场检测以及其他多种污染源普查方式，以供各地方行业使用。
五、 数据管理和普查员培训等
普查数据的管理方式和处理方式，包括数据收集、录入、存储、分析、使用、共享和发布的手册。
六、监管和考核
对于普查完成后，应该进行统一的污染源数据整合和管理，出具行业普查情况总结报告，并对污染源处罚等进行监管与考核。
七、 普查对国家相关部门和企事业单位实施的指导建议和强制要求等
八、 附录
含各种实际实行场景的案例分析和数据，便于普查实地调查并准确收集污染源数据。
