该工程规划为深圳市未来西部直通香港的西部通道边检口岸，功能主要为进出深港两地的人员、货物检查提供一个办公场所，包括一岸两检等工作。其中：Ⅰ区为深港联检楼办公大楼及其它办公楼用地，口岸通向南山区地下通道位置；Ⅱ区为出境候检停车场、转关车场；Ⅲ区主要是深圳方海关通道及深港联合办公楼所在地；Ⅳ主要是香港方检查通道及跨海大桥落地位置。