邳州站工程泵站安装4台套竖井贯流泵组（含备机1台），厂房内安装起重量320/50kN电动葫芦双梁桥式行车1台，跨度15.7m。泵房东侧布置安装间，西侧布置副厂房。副厂房一楼布置主变室、高低压开关室、励磁室、站变等；二楼布置GIS组合开关室、控制室、办公室等。邳州站单机流量33.4m3/s，配1950kW同步电机，总装机容量7800KW。水泵叶轮直径3.30m，叶轮中心安装高程14.60m。
泵房为堤身式块基型，流道为直管进出水。出水流道设一道带拍门的工作门配合水泵启动和一道快速事故闸门配合断流，闸门采用液压启闭机启闭。