第二阶段  在建设项目施工阶段，跟踪审计的主要内容包括：
    1、检查履行合同情况。检查与建设项目有关的单位是否认真履行合同条款，有无违法分包、转包工程。如有变更、增补、转让或终止情况，应检查其真实性、合法性。
    2、检查工程设计变更、施工现场签证手续是否合理、合规、及时、完整、真实。
3、加强设备、材料价格控制，施工合同中约定的需要甲方核定价格的材料，在材料管理部门核价后，对其核价资料进行审核，在规定的时间提出审核意见。对无确定价格材料，协同建设单位代表进行市场调查。
4、按双方商定时间安排，进行咨询性审计，对审计发现问题提供咨询意见，为顺利进行工程决算创造条件。
5、隐蔽工程的审计。严格按《项目建设工程全过程跟踪审计办法》要求,施工时随时跟踪隐蔽工程检查,并参与隐蔽工程验收隐蔽。
第三阶段 在工程竣工结算审核阶段，跟踪审计的主要内容包括：
审核竣工结算的工程量是否真实、准确，定额套项及价格是否合理，计取各项费用及执行文件、选用定额版本是否准确、合规；建设项目概预算最终执行情况如何。
1、结算项目是否与图纸相符。
2、会同建设单位、施工单位对有关项目进行现场勘察核实，准确界定各施工单位的施工范围和造价，对于审核中的有关问题，需要向建设方、监理方了解情况的，及时向有关人员了解。
3、工程量计算审核：工程量计算的审核，主要依据施工图及竣工图，工程量计算规则，及送审的工程项目预算书（结算书）对其数量进行计算。审核送审结算书的工程量是否符合规定的计算规则、是否准确，对必须丈量的工程项目，要进行实地测量计算工程量。设备、材料用量是否与定额含量或设计含量一致。
4、预算定额的审核： 参考地方调价文件，检查分项工程预算定额选套是否合规，选用是否恰当，是否有高套、错套或重复套用定额的现象。
5、工程取费是否执行相应的计算基数和费率标准。
6、设计变更和经济签证事项审核：经济签证事项包括设计变更的增减费用，材料代用的增减费用，图纸资料延期交付造成的损失等现场发生的经济签证事项，逐一逐项进行审核。审计设计变更洽商单的内容、变更程序是否符合规定，签认手续是否合法、完备；设计变更处理办法是否符合施工合同规定；设计变更增减内容的真实性、合理性，以及是否符合逻辑，是否存在与中标书项目重复审计的现象；审核洽商变更签定的及时性，所有变更必须在施工前经有关各方审定，任何补报补审的设计变更及洽商均无效；审核洽商变更有无擅自扩大建设规模和提高标准等问题，任何设计变更应符合施工图具体要求，不得超量、超标。
7、施工单位材料结算时是否按实际价格计算，是否经建设单位认质认价，建设单位是否参与材料质量和价格的比选，价格和确认手续是否合理合规。
工程竣工交付使用工程结算全部完成后，在过程审计基础上，开始工程竣工结算审核工作。工作程序与建设期内基本一致，最终出具工程竣工结算审核报告。
    五、建设项目跟踪审计的方法
1、施工阶段：首先，做好隐蔽工程验收记录。由于隐蔽工程在隐蔽后无法看到，因此是最难监督、最容易产生争议的地方。跟踪审计人员一定要到施工现场了解具体施工做法，做好取证记录，如外墙保温材料的材质、品牌；屋面防水、防潮层的分层做法等都应详细记录下来，另外还要特别注意的是许多施工图纸上都没有详细标注构造柱和圈梁，只在说明部分作了简要交代，审计人员一定要深入施工现场，将实际情况记录下来，所有的隐蔽工程都要经甲方、监理、审计、施工四方会签后才能隐蔽。其次，审查现场签证和工程变更。现场签证和工程变更是引起工程造价变化的主要原因。工程建设的生产周期比较长，在此期间常会出现一些不确定因素，不可避免地引起工程变更和签证。同时，由于施工单位在竞标时为了确保中标而降低利润空间，中标后又将目光转向变更和签证，想以此提高工程造价，弥补让利损失。因此，对变更和签证的审计是跟踪审计工作的重中之重。对此应主要审查理由是否充分、情况是否属实、计量是否准确、手续是否齐全、资料是否完整、与合同有无冲突等。审计人员务必坚持原则，对弄虚作假、高估冒算的行为坚决抵制。
2、决算审核阶段。工程结算是工程投资的汇总，也是单位工程造价的最终确定。工程结算的方式应根据合同约定，现在一般大都采用合同价+变更的方法。审核前，首先要熟悉合同和投标文件，弄清招标范围，明确哪些内容可调整，哪些内容不可调整，对于可调整的部分，再根据现场有关资料，审核工作量计算是否准确，与现行有关规定有无冲突，定额套用是否正确，有没有高套重算。工程量计算的审核，主要依据施工图及竣工图，工程量计算规则，及送审的工程项目预算书（结算书）对其数量进行计算。审核送审结算书的工程量是否符合规定的计算规则、是否准确，对必须丈量的工程项目，要进行实地测量计算工程量。设备、材料用量是否与定额含量或设计含量一致。材料价格是否符合合同约定，费用计取与有关规定是否一致，让利是否满足合同约定等。审计过程中，审计人员要与甲方、乙方、监理多沟通，以事实为依据，以法律为准绳，既要客观公正、坚持原则，又要注意工作方法，最大限度的使工程造价得到准确反映。审计结果在得到甲乙双方共同确认后，审计人员出具审计结果通知书，审计结果通知书中除了写明审计结果、核减（增）额，还应交代一些特殊事项，包括如何处理甩项工程、如何处理甲供等。
