莞惠城际轨道交通项目贯通方案正线全长99.448km，其中东莞市境内长67.460km，惠州市境内长31.988km。全线高架段长55.831km（含高架站），路基段长6.586km（含地面站），地下段长35.391km（含地下站），过渡段（U型槽）长1.640km。莞惠城际轨道交通GZH-13标共分为两段，里程范围分别为DK96+723~DK97+732、DK101+122~DK103+940，正线长度3827m。其中隧道长度为3507m，U型槽长240m。主要工程内容包括：隧道、路隧过渡段（U型槽）、无砟轨道道床、道路改移、沟渠改移、三电迁改（不包含10KV及以上高压线路迁改）及管线改移等。
暗挖隧道正洞为左、右线分离的单线双洞，长度分别为3337m，明挖隧道也为两条单线隧道，长度各为250m。