与一般民用空调机组不同，净化空调机组具有功能段多、机组长、风压大、保温和密封性能高等特点；在机组材料的选择上，净化空调机组的板材、管件用材应与净化的本身要求相一致，具有光滑、不生锈、耐腐蚀、易清洁等特点。
一般民用空调机组，常见的功能段不外有新回风段、粗效过滤段、表冷或加热段、风机段、出风段等几种；净化空调机组则在此基础上，增加了加湿段、均流段、中效过滤段、消声段、若干中间段等等，表冷段一般与加热段分置，有的还设有高效过滤段、喷水段。不仅机组长度长，而且由于净化系统大而复杂，机组本身及系统的阻力大，要求空调机组的风机压头就高。