本流域洪水为暴雨洪水，洪水季节与暴雨季节相一致，4月～6月是洪水的主要发生季节，尤其是6月份，往往形成峰高量大的洪水，7月份以后，受台风影响也会发生短历时的洪水。各有关单位曾对昌江干流进行过多次历史洪水调查，昌江以1884年（光绪十年）洪水为100多年来的最大洪水，采用其重现期为120年一遇。