项目建设、运营和管理中存在三个问题。
第一、权责不对称问题。中环快速干道三溪口立交桥子项目属于公共基础设施项目，重庆市蔡家组团建设开发有限公司作为业主单位存在权责不对称的问题。业主承担有关债务，资产形成之后，以近似“交钥匙”的方式交给北碚区政府，在业主——重庆市蔡家组团建设开发有限公司的账户上既没有资产又没有收益。这种权责不对称是一个具有我国特色的普遍性的现象，解决问题的关键在于北碚区政府。建议北碚区政府在项目建设完工并交交通部门管理时，要充分考虑企业的利益，给予适当的补偿，以体现权责对称的市场原则。
第二、农民安置补偿方式问题。北碚区政府和下属蔡家组团管理委员会对农民的安置补偿非常重视，给出的补偿标准也比较高，农民比较满意。但是，以现金和经济适用房安置作为主要安置方式，不太完整，需要加入社会保障，以很好解决农民问题，杜绝“三无农民”的发生。建议组团在货币、住房安置的基础上加入社会保障安置，其做法是在安置补偿资金中留成一定比例，用于给拆迁农民购买社会保险，包括失业保险、医疗保险、养老保险等。
第三、将三个子项目“打捆”的做法是否合理有待研究。研究所涉及的三个子项目分属于三种不同性质，其中，中环快速干道三溪口立交桥子项目属于公共基础设施项目，其建设投资至少应该由蔡家组团所有子项目分摊；H区经济适用房建设子项目是社会工程项目，其建设投资也应该由组团的所有项目分摊。现在将其打捆为一个项目，其投资估算、财务预测和分析等均以打捆为依据，这样做在建设项目评估理论和实践上是否讲得过去，值得研究。