１．突出工程生态环境影响
规划将紧紧把握工程带来的生态环境影响动因进行重点规划，使工程的综合效益得以充分发挥，负面效应得到重视并提出防范措施。
２．源于流域规划，高于流域规划
由工程引发的跨流域流量、流态、流质变化，以及由输水主干渠及其联接的调蓄湖库形成的新的生态系统变化，都是工程活动造成的跨流域生态环境影响，需要针对跨流域的生态环境问题提出防治对策。因此，工程生态环境规划既源于流域规划，又高于流域规划。
３．统一分区、统一目标、统一规划
规划把东、中、西三线工程所影响的四大流域各区域作为一个整体，按调水对不同区域的生态影响特点，统一划分为调水区、输水区和受水区，统一确定生态保护目标、范围和时限，统一规划，使南水北调工程的生态环境保护任务与原有的流域、区域生态保护任务相衔接，形成一个完整的生态保护系统。
４．预防为主、保护优先、防治结合
规划将贯彻预防为主、保护优先、防治结合的生态保护总方针，对各类生态管理区、水源保护区，规定相应的管理措施，并采取必要的工程措施，削减调水不利影响的同时，综合发挥法制、行政和经济手段，实现对工程影响区域生态环境的有效保护和改善。
５．规划设计、施工、运营三阶段并重
规划将分区域对规划设计、施工、运营期等不同阶段提出不同生态保护要求，以完整地体现生命周期评价和绿色设计理念。
６．为综合决策提供科学依据
规划要力求对生态环境问题进行前瞻性分析，从生态系统的变化与调控措施的效果进行方案评估，制定与主体工程配套的生态环境保护规划，为工程立项到实施、运营的综合决策提供科学依据。