长期以来，小型农田水利工程建设一直处于弱势，随着社会主义市场经济体制的不断完善，实现农村小型水利工程和谐建设、自主管理和可持续利用，改善农业生产条件和农村基础设施，将是我国新农村建设的主要内容，也是今后小型农田水利工程建设的发展方向。
一、农田水利建设中存在的问题
1、改造建设中管理运行问题
近年来，农田水利的建设过程中常常会出现重视建设而忽视管理的现象，极度缺乏管理，进而导致很多的农田水利设施存在带病运行的现象，尤其是用户较多，而且生产能力很差的水利工程无法从根本上落实，给国家带来了极大的浪费。管理及运行主要存在两方面的问题，一方面农民对于农田水利的建设的积极性较低，农民没有管理运行的意识，并且基层的干部在思维方式和工作方法上缺少经验，与此同时农民进行民主管理的意识欠缺，进而使得管理的效率极低，带来的成果也很不显著；另一方面，由于建设管理的职能划分模糊，农田水利部门负责小型农田水利的建设，而且实际上较大的农田水利设施建设主要受到国土、发改委、水利或是财政部门的管理，根本没有形成统一的界定，进而增大了管理的难度。
2、水利设施资产界定以及评估问题
小型农田水利建设项目的固定资产具备特殊性，其服务的主体是农民和农业，所以对于资产的划分必须具备明确的原则和标准。现阶段，小型的农田水利设施大多数是掌握在集体和国家的手中，因此对于小型农田水利的评估，怎样进行评估、依据什么样的标准来评估，这些因素将直接影响到农田水利的价格。所以对于小型农田水利的建设要依据正确的方法进行评估，只有这样才能有效的避免流失国有资产。另外，还需要成立专门的资产评议小组，主要负责审定资产，进而为小型农田水利的租赁承包或是拍卖来提供依据。
3、农田水价的制定以及管理的问题
小型农田水利的进行改造建设之后，农民农田用水的价格也就不能再按照先前的标准进行收费了，不应该计入税金和利润，只进行费用和成本的核算，还要考虑到经营者的可持续发展，所以需要重新给水价定位，又由于没有统一的标准进行定位这些问题，导致农民参与到农田水利建设中来的积极性不高，另外还有农民反映到水价的定位不合理，就使小型农田水利的改造建设带来的困难。所以，对于各个部门的水价进行明确的管理界定，要排除水费定位中存在不合理的部分，进而给水价的调整预留出足够的空间。
4、资金使用方法和项目管理存在的问题
农田水利建设的改造进程中经常会有一些资金被挪用的现象，进而使资金不能够被充分的利用。所以，在农田水利建设的改造中，必须正确的引导、规范管理，才能节省投资、提高效率、确保质量进而才能顺利的推动小型农田水利的建设，另外还要制定出关于农田水利建设的资金项目的使用标准办法，更要规范项目的立项、申报、实施以及验收等阶段，要具体且明确程序操作的安排。
5、坚持民主决策群众自愿的原则
小型的农田水利建设在产权制度上的改革建设存在许多特点，如涉及面广、政策性较强且难度较大等。因此，在建设稳定发展的基础上，要进一步发展，需要始终将群众的自愿原则和民主政策放在最首要的位置。在改造建设的过程中，要坚持一定的原则，即坚持公开、公正、公平的原则，要求不仅要做好资产的评估还要明晰产权，还要很据所使用设施的规模、特点以及效益和运行的状况等等，以及听取干部群众的意见，合理确定承包费、租赁费、拍卖底价，对社会公开竞价出售等方式。
6、政府作用体现在农田水利上存在的问题
小型农田水利设施的改造建设是利用市场的手段来促进自身的发展，所以改造后的正常运作需要按市场的经济规律进行办事。因此，为了能够保证投资回收、运，行维护管理以及更新改造经营者在一定范围内制定水价，其标准也会随通货膨胀而有很大的浮动，而且有时候还会出现水价过高的现象。首先，政府应对农民进行一定的补助，进而能够起到调控的作用。水利的改制涉及到很多方面，将会受到社会经济、思想理念以及政策法规等多方面因素的影响，水利改制的步伐以及力度不仅依靠政府的支持，还需要有健全法规、政策的保障。所以，在这项工作中政府应充分发挥了自身的作用，能够为改制营造良好的政策法律环境，加快改制的步伐，巩固水利建设的成果。
二、农田水利建设管理的对策措施
1、用科学方法管理把小型农田水利建设管理作为一门科学来对待，注重管理效益，扭转重建轻管的局面。建后形成的小型水利资产要及时移交给有关单位和个人，采取专业管护、拍卖经营、个人承包等形式，以便形成切实有效、适合当地社会情况和不同工程类型的运行管护模式，使新老水利工程都进入良性运行轨道。
2、建立具体的管护制度和实施细则，以“公约”或“村规民约”形式，加强工程建后管护，发挥工程效益。根据各种不同农村水利的特点，需要对不同功能的水利工程采取相应的管理措施，尊重农民意愿，依靠农民自己的力量，使水利工程在完善的工程管理条件之下，取得较好的工程效益。以水利为主的工程，既要适应市场经济要求，有偿服务，核算成本，降低费用，促使工程良性运行，又要坚持不以营利为目的的宗旨。加大人力、物力做到专人负责，采用“村管片，组管线，人管点”的模式，落实管护责任。安全管理的首要是加强《水法》、《防洪法》的宣传，在防止水利工程受到洪水等自然灾害的侵袭的同时，也要防止少部分唯利是图的人为和牲口破坏。
3、扩大投资在农村小型农田水利工程建设中，需大量的工程投资，用以对现有工程进行维修改造和扩建，以适应当今农田水利发展要求。在努力争取增加各级财政投入的同时，地方政府也要加强对农村农田水利工程建设的行政领导，积极调动组织群众参与农田水利工程建设，充分发挥各级财政资金的引导作用。为了杜绝挤占挪用农业专项资金的现象发生，项目实施单位及时向主管领导和相关部门汇报项目建设情况，与财政部门积极协调衔接，专款专用。进一步完善“一事一议”筹资筹劳制度，通过村民大会或村民代表大会，讨论与村民利益关系密切的公共供给，由村民决定是否修建某个公共工程，修建在何处，如何修建，并由村民民主管理由“一事一议”筹集资金。
4、强化舆论宣传，“意识决定行动”，思想意识问题解决了，才能变被动为主动。为此，要通过广播、电视等媒体，向广大干部群众宣传新形势下做好农田水利基本建设工作的重要性，通过深入持久的宣传，使广大干群明白，大力加强农田水利基本建设，是战危机、保增长的迫切需要，是加快现代农业发展的迫切需要，是保民生、保稳定的迫切需要。要向广大干部群众宣传新时期的农田水利基本建设政策，通过宣传，打消群众顾虑，全身心的投入到农田水利基本建设之中。
5、注重管理人员素质的提高，重视农田水利工程人力资源的开发。有计划、按步骤地选拔人才去深造，与相关院校、有关单位搞好人员的培训，以适应岗位需要和市场需求，做到有的放矢。鼓励职工在职学习，不断提高整体素质，使基层农田水利人力资源切实得到保值和增值。对现有农田水利技术人员进行适当分工，明确每个人的业务主攻方向，尽早造就农田水利建设、防汛防旱、水资源管理农村安全饮水、水行政执法、财务管理等各方面的行家能手，并能统揽全局，承担起相应的工作，使他们能独当一面。
