1.缺乏与工程量清单计价相配套的招投标制度
　　(1)现行评标定标办法与之不相适应。现行的《招投标法》规定的经评审的低价中标法由于缺乏对合理低价及低于成本价的科学的评判依据，在一些地区实际操作中，常被演绎为“绝对最低价中标”。这样一方面使施工企业在“僧多粥少”的甲方市场形势下，被动地去接受低于成本价的不公平合同条款。另一方面不能有效杜绝串标、围标或抬高中标价的违法行为。同时低价中标法可能会使个别企业以低于成本价恶意竞标再在施工过程中想尽一切办法增加设计变更获得补偿，更有甚者通过偷工减料、层层转包等不法行为来赚取利润。这在很大程度上制约了《计价规范》的实施。
　　(2)评标专家素质没有明显提高，串通投标和围标等现象依然突出。实施清单计价招标后，投标报价难度的增加及评标方法的不适宜使施工企业产生投机动机，客观加大了评标专家寻租的可能。
　　2.缺乏与工程量清单计价相配套的合同文本。要实行工程量清单计价，必须制定与之相适合的合同条款，来约定业主、承包商、监理工程师等各方权力义务，规范工程建设中各方的行为。特别是对工程变更，合同外新增工程的确认、处理原则、处理程序、计价原则、支付等都要有明确的规定。对合同清单的工程项目在什么情况下允许调整单价都要有明确规定;对施工中发生的索赔事件如何处理、风险分配约定等也要有规定，使合同在履行、管理时有据可依，减少纠纷发生。可是(1)我国多年来一直采用总价合同，没有现成的适合于清单计价的合同范本。(2)按照《规范》中计算的工程量是否构成合同的一部分未说明。由于根据《规范》计算的工程量的合同地位仍未确定，将为中标后开了“重新核算工程量”的缺口，难以保障发包人的利益。
　　3.工程担保制度、监理制度的不配套。工程量清单计价的顺利实行，还要有完善的市场约束机制。国外建筑市场除了依靠法律和道德约束外，还有许多约束承包商行为的机制，如工程担保制度、监理制度等。而在我国，建筑市场体制还不太完善，市场约束机制尚不健全。
　　4.新《计价规范》与承发包模式改革的不配套。(1)不利于推行更具创新的EPC (工程-采购-建造) 等集成承发包模式。以EPC为例，它是以全过程管理为目标的，由于《规范》是针对C (建造)而非兼及E (工程)和P (采购)，现有的《规范》是以牺牲全过程操作的便利而迁就跨行业需要为代价的。另外实行工程量清单计价应采用单价合同，而若采用集成承发包模式，易采用总价合同。(2)不适宜于建筑行业分包体制的运作。原《计价规范》总包/指定分包，以及议标/采购/竞标未能获得良好的结合，不利于分包体制在合同约定下的运作。
　　5.缺乏与工程量清单报价相配套的企业定额。由于清单规范中的报价是以投标企业自身企业定额为基础的，而目前的实际情况却是很少有施工单位拥有自己的企业定额，清单组价缺少依据。这给各企业报价造成很大的不便。投标企业为了被迫执行清单规范只能将地区预算定额作为自己企业定额，从而形成了外表象清单计价法，而实质仍然是定额法的怪现状。
　　6.工程造价咨询机构方面存在的问题。由于我国工程造价咨询业刚刚起步，工程造价咨询机构技术力量和管理水平良莠不齐，编制的工程清单文件欠规范，甚至存在一些不具备工程量清单编制能力、机械套用固定格式文件、一人支撑一个公司的中介机构，对于清单计价规范的使用造成了一定的影响。