政府投资建设项目审计的程序和方法的主要内容：建设项目的基本概念、政府投资建设项目审计概述、政府投资建设项目审计程序、政府投资建设项目审计方法和技巧、效益审计和跟踪审计。
建设项目的基本概念是指利用国家预算内拨款、自筹资金、国内外基本建设贷款以及其他专项资金进行的，以扩大生产能力或新增工程效益为主要目的新建、扩建工程及其他有关工作。如果新增建筑面积超过原有面积的30%、土建工作量超过项目资金总额20%的更新改造也作为基本建设。