导致工程项目亏损的原因有很多，除了客观环境的影响，管理层自身的主观原因才是核心。
1、无成本控制目标或干脆不执行
绝大部分亏损的项目部，根本没有成本控制的总目标，有的虽有但却没有严格执行，因而使项目部的成本处于失控状态。
某项目部在工程开工后，对工程进行了成本预测，并确定了分项工程成本、分类成本和工程总成本目标。待工程竣工时，除固定费用（包括上交的管理费、提取的固定资产折旧费、大修费）等项目未超出测算的成本外，人工、材料、燃料、配件和项目部间接费等可变费用全部出现超支。
其中最主要的是材料和配件的超支，其实际成本比测算成本高出50%以上。即使考虑变更设计增加成本的因素，并将变更增加的预算费用全部计算为成本，其实际成本也比测算成本高出30%以上。
为什么固定费用可以控制，而可变费用却得不到控制？其问题就在于没有严格执行成本控制的总目标，分项工程成本和分类成本的控制没有落实，从而导致总成本超支。
2、材料、构配件制度不全理
a、超额采购
在亏损的项目部中，购买材料、配件（以下简称为材料）无计划的现象比比皆是。如果是有经验的材料人员执行采购任务，则材料的采购数量还不至于超出太多，不会造成太大的损失和浪费。部分项目部特别是亏损项目部的材料人员毫无经验可谈，采购材料非常随意，超定额购买习以为常，采购数量的多少全在于项目长甚至是材料员，其结果必然是材料的积压、超支。
b、人为操纵价格
在材料采购阶段，价格偏高和部分材料的质量达不到标准，是工程项目亏损的又一个因素。
由于市场经济的发展，材料的价格千变万化，无论任何有经验的材料人员都难以掌握相对合理的价格信息，加上销售材料的单位（以下简称为销售商）利用回扣、好处费等吸引采购人员，从而使项目部难以购买到价格相对合理的材料，提高了工程项目的材料成本。如果个别采购人员有意舞弊，将材料价格故意提高从中牟利，则项目部的损失会更大。
另外由于一些企业信用等级的降低和现金周转的需要，使得销售商十分在意是否以现金购买材料，从而使现金与非现金购买材料的价格相差较大，最高时能相差10%以上。而项目部由于资金紧张，或者采购人员不会计算采购材料过程中的资金成本，最终购买了高价材料，从而增加了工程项目的成本。
c、质量不达标
再者由于部分采购人员对材料的质量标准知之甚少，购买了一些达不到质量标准的材料，使得实际消耗的材料数量增加，造成成本超支。
d、收发制度形同虚设
在材料验收、保管、出库阶段，一些项目部根本没有收发制度，材料采购人员购买的材料无人验收，更无实物账，因而就谈不上保管和出库；或者是虽有收发制度，但验收不及时、不认真，保管形同虚设，账物不相符，谁拿谁用，最后一笔账列销。
特别是砂石料、砖瓦等地材，有的项目部自始至终没有专门的部门进行管理，以购代耗；严重的甚至用虚假的材料发票报销，而根本没有购买材料。
e、不按定额发料
在材料消耗阶段，大部分亏损的项目部不按定额发料，施工人员要多少给多少，致使多发的材料不是被浪费扔在工地，就是被工地的人员偷偷卖掉，许多可以回收的废料更无人管理。如将工地剩余的钢材和钢模板擅自处理，并将收回的材料款私分。
3、承包措施不配套
有的项目部，在承包方案中规定完成多少任务发多少工资，但对材料的消耗和设备的使用、维修没有明确要求，形成包工不包料、包盈不包亏，最后是任务完成了，但材料费超支了，设备的性能下降了，整个工程亏损了。
有的项目部虽然在承包方案中明确了单位工程量所包含的材料和机械费用，但材料价格比承包方案中的材料价格高，从而导致承包流产；有的项目部虽然承包方案合理，但计价不及时、或者不能按照承包方案进行兑现，使承包无法进行下去。
4、分包工程存在漏洞
a、对劳务分包队伍，没有实行严格的定额发料制度，导致随意使用材料，造成材料超支；
b、对分包队伍施工的部分工序的工程量重复计价，导致多拨工程款；
c、对分包工程的价格非常随意，没有重新按照定额和预算标准进行计算，仅随便定一个提取管理费的比例就万事大吉，最终提取的管理费还不够补偿投标所开支的费用；
d、不考虑中标价格，把工程以高于中标价的价格分包出去（并不是中标价偏低的原因），形成巨额亏损；
e、大量使用分包队伍，导致超拨款、分包队伍欠款等现象不断发生；
f、挂靠多个外部单位，仅象征性地向收取一点管理费，最后挂靠单位一走了之，所有的善后费用（如工期、质量、挂靠单位以项目部的名义购买材料所欠的货款等）全部由被挂靠的项目部承担。
5、严重的质量问题
亏损严重的项目部，几乎全部存在比较严重的质量问题，从而导致返工、修复、推倒重来等重复施工的现象发生。这些现象导致了无效工程量增加，加大了人力、材料、设备的投入，最终增加了成本支出。
6、施工设备利用率不高
一些项目部对所承担的工程心中无数，为保证施工不间断，盲目购置或从其他项目调入大量设备备用，甚至购入一些本项目不需要的设备，从而造成设备长期停用。既占用了宝贵的现金，使施工生产所急需的人、财、物不能及时到位或增大财务费用支出，又增加了折旧费和设备维修费支出，造成项目部的成本急剧增加。
7、施工安排不合理
a、不能合理地配置人力、材料、设备等资源，导致窝工浪费；
b、施工安排不合理，能够一步完成的，实际进行了二次、三次才完成，从而造成返工；
c、施工顺序颠倒，增加了许多无效的人力、物资和资金投入，导致成本大幅度增加等等。
8、安全事故较多
在亏损的项目部中，多数项目部均发生过程度不同的安全事故。
轻伤影响员工上班，增加人工费支出；重伤既影响员工上班，增加人工费支出，又需要开支医疗费，增加间接费支出。
死亡事故既增加了巨额抚恤费支出，直接增大成本支出，又可能影响员工情绪，降低生产效率。
9、间接费控制不力
在亏损的项目部中，几乎都存在这个问题，其中最主要的是办公费、差旅费、交通工具费和业务招待费失控。
办公费开支无计划，谁想买什么就买什么，高档的办公用品随意买，手机费用惊人；差旅费无标准，飞机随意坐，什么样的高档旅馆随便住。
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擅自扩大业务招待费开支范围，提高开支标准，即使是招待内部人员也动辄到高档饭店就餐，致使招待费逐年增加。
10、财务管理混乱
所有亏损的项目部，其财务管理无一不存在混乱现象。具体体现在：
a、没有完整的财务管理制度
一些亏损项目部的所有收支业务由个别领导和财务、计划、物资等人员把持，不是靠制度来决定开支、靠监督来约束开支，从而导致所有开支无计划，工程盈亏无人知。
b、资金管理混乱
开设多个银行存款账号，但又不及时核对清理，银行收付凭证不及时入账，白条不入账而顶抵现金，其结果是材料不能及时入库，个人欠款不能及时清理，银行存款和现金账款不符，巨额成本隐匿在银行存款和现金余额里，从而造成工程前盈后亏或整个工程亏损。
c、债权债务的确认不准确，结算不及时
有的项目部对销货和分包单位，既在债权方记录预付的货款和工程款，又在债务方记录应付的货款和工程款，但在结算时由于记账不及时或不认真核对，最后多付了货款和工程款，形成损失。有的项目部对应收款项不及时清理，后因欠款单位无款、破产或超过追索时效，导致应收款无法收回，形成损失。
d、收入、成本的计算不准确
有的项目部不知道如何计算工程结算收入，把合同金额计算为计价收入，然后计算盈亏，形成前盈后亏；把拨款当成计价收入，使项目部各期的盈亏不实，如果建设单位欠款数额较大，则项目部会形成虚假的亏损。
有的项目部不知道如何计算成本，把应当计入成本的费用漏列，如应提未提的固定资产折旧费和职工福利费、应上交的税金、养老保险费、医疗保险费、失业保险费、住房公积金和上级管理费、已经使用但尚未支付的材料费、应发未发的职工工资等，从而导致成本不实、盈亏不准。
有的项目部不按规定结转成本，把应由后期负担的成本提前计入成本，或者把应由本期负担的成本转到后期，影响了成本的真实性。
e、会计基础工作差
审核会计凭证不认真、不仔细，凭证的手续不完备，报销依据不充分，登记账簿不及时。
会计科目使用错误，各项会计数据的记录不真实、不准确，失去记账的意义，影响成本计算。
11、合同管理混乱
在亏损的项目部中，大多数项目部没有合同管理的意识，对购货、雇用人员、提供服务、分包工程、承包工程等合同知识知之甚少，合同管理混乱。
与对方签订只有小写金额的合同，在对方篡改小写金额诉至法院时，因企业证据不足而败诉；
与对方签订只有数量没有单价、只有单价没有数量或只有数量、单价没有总价的合同，致使官司不断，严重影响了企业的信誉。
