根据水库蓄水初期水质调查分析，水库蓄水初期头5年左右水库水质最差，初期还可能出现富营养化现象。山仔水库目前处在蓄水初期2－3年时期，水库中营养物质较多。从古田溪一级水库目前水质类比山仔水库来推测，随着时间的推移，库内被淹没土壤、植被的氮、磷及有机质等将释放完毕。并且水库上游人烟稀少，又无工业污染源，山高坡陡，有利于水源防护，预计在采取了水源保护措施后，山仔水库水质通过更替贮水将转向更好，2000年后可接近于建库前河道水质水平，不会产生富营养化。