本工程采用项目管理，成立中铁××局厦门工程处永漳公路××合同段项目部，全权负责该工程的组织、管理、协调、指挥，下设六部一室，即施技部、安质部、计统部、物资部、财会部、保障部、办公室，直辖五个专业工程队（机械土方作业队、桥梁作业一队、桥梁作业二队、路面作业队、综合作业队）；项目部设项目经理一名，总工一名，党工委书记一名，项目副经理一名，形成以项目经理、书记、总工程师、副项目经理为指挥核心的项目经理负责制。