隧道结构防水一般由喷射混凝土、全封闭柔性卷材防水层和二次衬砌结构自防水，施工缝、变形缝防水等组成。
暗洞段防水：初支与二衬间设防水板加土工布，隧道衬砌纵向施工缝采用外贴式橡胶止水带加遇水膨胀止水胶进行处理，环向施工缝（含仰拱）采用中埋式橡胶止水带加遇水膨胀止水胶进行处理，变形缝采用中埋式橡胶止水带加外贴式橡胶止水带加聚苯乙烯硬质泡沫板加双组份聚硫密封膏嵌缝材料处理，二衬拱部预留Ф50mmPVC充填注浆孔，待混凝土达到设计强度后进行充填注浆。
暗洞段排水：洞内设置双侧排水沟加中心沟，衬砌背后设置环向排水板型盲沟、纵向盲管，将地下水引入洞内侧沟和中心排水沟排出。