前提：事先，建设司会同铁道部有关部门，组织建设单位，上海铁路局、铁科院等单位，召开合宁铁路竣工验收工作会议，对有关问题进行研究，明确了验收牵头单位及相关工作。建设司向部领导报告批示后，印发了通知。
1．验收报告。上海铁路局和建设单位确认项目达到铁建设〔2007〕183号文件规定的验收条件后，由上海铁路局提出合宁铁路竣工验收申请报告——主要包括工程进展和完成情况（承包单位自检监理单位评定情况）、验收的依据和范围、验收组织机构、验收内容和具体安排等。
2．验收机构。⑴竣工验收工作组。由上海铁路局牵头成立竣工验收工作组，下设若干专业组（注意：要包括环水消档土劳安等内容）。竣工验收工作组，负责组织合宁铁路工程静态验收和动态验收的具体工作。在工管中心和客专技术部指导下，上海局编制合宁铁路静态验收工作详细安排等。⑵专家组。由工管中心和客专技术部组建专家组，拟定工作方案，并适时开展相关工作。〈后来变化。铁道部成立了合宁铁路竣工验收工作专家组，何华武总工程师担任组长，耿志修、郑健、张曙光副总工程师及卢祖文同志担任副组长；专家组下设4个小组，其中站前组组长由工管中心主任张梅担任，站后组组长由运输局副局长、基础部主任徐啸明担任，集成组组长由运输局客专技术部主任季学胜担任，安全评估组组长由安监司司长陈兰华担任，各小组由组长负责组建。站前组以站前工程及其他土木工程为主，由工管中心负责组建专家组；站后组以通信信号信息工程为主，由运输局基础部负责组建专家组；集成组以牵引供电、其他运营设备及系统联调联试为主，由运输局客专技术部负责组建专家组；安全评估组按部有关规定要求组建专家组〉⑶动态检测机构。动态检测机构为铁科院，动态检测工作由铁科院负责。⑷初验委员会。铁道部成立合宁铁路工程初验委员会，负责合宁铁路工程初验工作。成员单位由铁道部各相关司局和业主、专家组正副组长、接管、建设、设计等单位组成。⑸安全评估组。由安监司牵头组建安全评估组，对合宁铁路工程进行安全评估。