整个轨道车站为两层，底层是站台层，布置有为整个车站及上部宾馆提供服务的设备机房和磁悬浮列车及今后的地铁二号线运行自身需要的设备机房。
二层是站厅层，浦东机场一期工程航站楼通望车库的三条廊道延伸与站厅层相连，站厅层与三条廊道的连接部分为三个大厅，作为旅客上下乘车的主要活动区域，布置售票、问讯等设施。磁悬浮列车与地铁2 号线出入口以中间一个大厅为界，分别布置在南北两侧。为站厅层服务的办公及设备机房布置在南北两端。在中间的大厅布置有两台观光电梯；在三个大厅及联系三个大厅的公共走道边，布置有商店等服务设施。本工程采用框架结构，在二层车站上方设结构技术转换层，为将来上部建宾馆解决宾馆结构与车站结构体系不一致的过度做技术层。
车站部分：站台层建筑面积约19600m2，站厅层面积约19800m2，局部三层建筑面积约2700m2，连接廊约3400m2；车站部分总高度约16.25m，车站总长约384m。
