站主体为地下两层，共设3个出入口。车站主体结构基坑标准段宽20.9m，深17.85m,北端盾构井基坑宽24.6m，深19.3m南端盾构井处深19.3m。1号风亭基坑深16.8m，与主体基坑同期实施。本次施工均采用明挖顺做法施工，基坑支护采用钻孔灌注桩+内支撑形式，由于本站中部设有轨排下料口，此范围采用钻孔灌注桩+锚索形式；
南八里庄站为暗挖车站，站台宽度12米。车站主体结构为地下两层三跨，拱顶直墙框架结构，长215.2米，标准段宽21.2米，底板埋深约23.95米，顶板覆土厚约8.3米。车站共设2个风道，3个出入口及1个安全出口。本站1号出入口，2号风道采用明挖施工外其余段均为暗挖施工，车站降水采用坑外管井降水方案