隧道通风系统具体措施是采用射流风机诱导型纵向通风方式，把射流风机沿纵向100米间距2台为一组布置（浦西工作井靠近X1、X2匝道处时3台一组），浦东D1、D2进出口匝道处各设2台双向射流风机，新风从车辆驶入端洞口进入，与射流风机喷出的高速气流作动量交换后向前流动，形式废气浓度逐渐加大的气流排至车辆驶出端洞口处，隧道采用轴向推力为607N的Φ710的射流风机。每台射流风机的功率为22KW。南、北两条隧道共计82台射流风机直接悬挂在隧道和暗埋段的顶板下。其中隧道进出口处的8台双向射流风机是可逆的。
隧道采用竖井集中排风加射流风机诱导型的纵向通讯方式，集中排风后的较长区段由竖井集中送风，火灾时按烟控区域排烟。
南线隧道考虑到主线出口位于浦东成山路居民密集区，要尽量减少隧道废气对出口周边环境的影响，利用浦东2#工作井~浦东3#工作井之间盾构段车道板下部分空间作风道，将其中大部分废气通过排风机PF-D-3引致浦东2#工作井设置的风塔，与浦东2#工作井上游的废气经由集中排风机PF-D-1、2一并集中高空排放，2#工作井以后区间的新风通过送风机SF-D-1集中送风补入。
北线隧道风他啊靠近浦西工作井设置，直线大部分废气由风塔集中高空排放，浦西工作井下游区较新风由浦西工作井附近设置的送风机补入。隧道废气主要通过集中排风机PF-X-1、2由浦西风塔高空扩散排放，集中排风口下游所需新风由集中送风机SF-X-1送入隧道。
在南北线车道进出口等处设置COVI检测仪共7套。连续监测隧道内的能见度和有毒CO气体浓度，从而控制射流风机的运行台数，从而保证车辆在隧道标准环境范围内行车，通风系统达到节能运行的效果。
