车站有效站台中心里程为YDK27+700.2，车站设计起点里程为YDK27+628.3，车站设计终点里程为YDK27+764.1，中心里程处轨道面高程为-13.780m。其主体结构总长度为134.2m, 总宽度为21.6m(西端设备区宽39.25m)。基坑平均开挖深度在23.5~25m之间,基坑从上到下设计为五道支撑，其中第三道需倒撑（两端扩大端增加第五道倒撑）。鱼珠站十四号线车站南北向呈“一”字型布置于规划鱼茅路下，车站为地下二层侧式站台车站，车站有效站台中心里程YDK28+901.2，十四号线设计起点里程为YDK28+841.05，车站设计终点里程为YDK28+979.15，中心里程处轨道面高程为-6.730m，基坑平均开挖深度约为16m左右，基坑从上到下设计为三道支撑。五号线与十四号线线路十字换乘，五号线车站与十四号线车站土建同期实施。
五号线车站结构设计为地下三层三跨、单岛、双排柱列矩形钢筋砼框架结构。负一层（站厅层）顶板为柱梁结构；负二层（设备层）为柱梁结构； 负三层（站台层）为15m宽站台。车站主要受力体系由侧墙、立柱、底板、梁和板组成。十四号线车站结构设计为地下二层两跨、双侧式、双排柱列矩形钢筋砼框架结构。负一层（站厅层）顶板为柱梁结构；负二层（站台层）为5m宽站台。车站主要受力体系由侧墙、立柱、底板、梁和板组成，车站防水均采用全包防水。五号线与十四号线交叉的公共区域底板下设14根φ1200抗拔桩，和设置在车站顶板周边的与地下墙连为一体的压顶梁（截面尺寸700mm×700mm），共同形成车站的抗浮体系。