本站是地铁3号线与2号线的换乘站，两线十字交叉，采用岛岛“T”型换乘；车站设有3个出入口和3个风道，其中1号风道和2号出入口合建。车站主体结构采用箱型框架结构，支护结构采用地下连续墙结合内支撑，半盖挖顺做法施工。地铁3号线大行宫站东侧为南京图书馆（9层），车站西侧为江宁织造府（风亭与之合建）。车站顶部南北方向主要管线有500铸铁给水管（埋深1.1m）450砼雨水管（埋深1.7m）、150铸铁给水管（埋深1m）、450砼污水管（埋深2.7m）；车站南端头东西方向有900砼雨水管（埋深2.5m）。本站中心里程K22+693.021，设计范围K22+610.021-K22+767.361（内衬墙内侧-内衬墙内侧），本车站基坑总长为158.14m,车站中部标准段基坑22.3m,深度23.24m；端头井宽26.3m；基坑深24.47m，车站主体基坑面积3663平方米。计划2011年2月21日开工，2012年6月15日完成全部主体施工。大行宫站施工场地狭小。