东城南站是莞惠城际轨道交通项目第3座车站，位于莞长路和四环路丁字路口的环岛处，车站斜跨莞长路和长泰路设置与R1线通道换乘，车站主体大部分位于环岛绿化带内、其余部分位于东城第八小学内，车站呈西南-东北向布置。
车站小里程基坑深度31.95~34.0m，大里程基坑深度31.0~33.4m围护结构采用Φ1200@1300/Φ1200@1350钻孔桩加Φ600旋喷桩桩间止水，开挖后内侧采用C20网喷混凝土，外挂Ф8@150×150mm的钢筋网。由于车站范围内大部分基岩岩面较高，吊脚桩以下入岩段采用锚喷支护，外挂Ф8@150×150mm的钢筋网，喷射15cm厚的C25混凝土，打设10m长的锚杆，间距1.2m×1.2m。全站共钻孔灌注桩337根（包括33根临时立柱桩），围护桩按桩型分为四种，Ⅰ～Ⅳ型平均桩长分别为22.7m， 32.52m，23.3m， 32.27m。