区间隧道穿越地层主要有人工填土层、冲洪积粘土层、冲洪积砂层、残积层、全～强风化岩层，区间中间段穿越中～微风化地层的硬岩段，根据详勘地质中间版报告（2008年3月），区间中间段局部在全断面的中、微风化的花岗岩岩层中穿越。
1.侨香站～香蜜站区间的施工竖井（深约25m）自上而下为：填土层、砾（砂）质粘性土层、全风化花岗岩，其中填土层约5.2m，砾（砂）质粘性土层约18.5m，其余为全风化花岗岩。
2.安托山站～侨香站区间的施工竖井（深约19m）自上而下：穿过素填土、花岗岩强、中、微风化等地层。
侨香站～香蜜站区间隧道范围内地下水主要为第四系孔隙水和基岩裂隙水，地下水位高程21.99～30.50m，而安托山站～侨香站区间竖井井身地下水位约1.93～5.73m，以孔隙潜水为主，主要由大气降水补给，水量较丰富，雨季时必须注意排水和片帮、冒顶问题。