主墩基础设计为16根φ300cm桩基础，深度达52m。根据墩位处施工水深大、河床陡峭的实际情况(水深高差达12m)，因地制宜的对常规双壁钢围堰结构进行了改进、创新，采用矩形异型高低刃脚钢围堰进行施工，同时设置隔仓板，呈阶梯状浇筑封底砼；钢围堰在现场加工，采用导向船安装。
桩基设计为10根φ2.5m钻孔灌注桩，承台尺寸为25m×10m×5m，顶标高均位于枯水期常水位以下，底面平均嵌入岩层2.5m。