洁净厂房空调系统因其风量大、新风负荷太、阻力高等特点，耗能非常高，是一般空调系统的10余倍，目此，洁净室空调系统的节能设计和运行有较强的必要性和潜力；
通过减小优化气流组织，将净化风量和空调风量分开和减少洁净面积，可显著减小系统的送风量；通过设置系统排风罩和其他优化配置措施，减小系统新风量；采用自控手段和加强管理，可优化系统的风量运行。这些都将显著降低系统的耗能水平。