三级生物安全实验室的通风及空调系统由于实验对象具有高度的危险性，因此不允许采用回风的场合，必须采用直流式全新风的空调系统。它所处理的空气全部来自室外，经过处理后送入室内，然后全部排出室外。并且所有的空气处理设备都设在一个集中的空调机房内，对被要空调房间的室内负荷全部由经过处理的空气来负担。