根据《水利水电工程等级划分及洪水标准》（SL252-2000）中的有关规定，石门水库枢纽工程的规模为小（2）型，工程等别为Ⅴ等，主要建筑物级别为5级。其防洪标准采用20年一遇洪水设计，200年一遇洪水校核。设计洪水位为161.65m，校核洪水位为162.76m，正常蓄水位为160.3m，死水位为154.2m。水库枢纽工程主要由大坝、溢洪道、输水涵管等建筑物组成。大坝为粘土心墙坝，实测坝顶长143m，坝顶宽3m，坝顶高程163.3m，最大坝高14.4m，大坝上游无护坡，坡比为1:2.6；大坝下游坝坡为草皮护坡，坡比为1:2.25，坝体没设排水设施。溢洪道位于大坝右端，为开敞式明渠，净宽5.8m，堰顶高程161m（实测）。
输水管位于大坝右端，为混凝土圆管，进口为斜卧管，高程154.2m，管径0.3m，设计流量0.2m3/s。在大坝右端高程158.5m处设有管径为0.3m的进库山泉引水涵一座。