本工程建成运行，防洪堤运行本身没有污染物排放。同时，通过防洪工程的建设，河道清障疏浚，沿河违章建筑物、阻水物、沙石淤积物被清除，沿岸生活垃圾被清理；防洪堤建成后，阻止生活垃圾等固体废物直接往河道倾倒；防洪标准提高，可避免设计标准内洪水漫溢，减轻面污染源污染水体等。因此，福建省闽江上游富屯溪三期（邵武段）防洪工程建成运行，对保护河流水质起到一定作用。
施工期砼浇筑拌和生产废水采取处理后循环使用。养马洲防洪堤施工区所在河段属饮用水源保护区二级保护区水域，施工区生活污水禁止排放，处理后的污水农用或绿化；另外9个施工区所在河段水域功能水质保护目标为地表水Ⅲ类，施工区生活污水经处理达标后排入河流。在采取上述措施后施工期生活、生产废污水对各河段水质影响较小。