微生物是生态系统的重要组成，它们能将自然界中的动、植物的尸体及残骸分解，将一些有害的污染物质加以吸收和转化，成为无毒害或毒害较小的物质。微生物能分解河床底质中有机碳源及其它营养物质并转化为菌体，促使底泥硝化（减少底泥体积，稳定底泥物理、化学性质，阻隔减少内源污染对水体的影响）。脱氮微生物通过硝化和反硝化作用能分解氨氮，分解后的硝态氮被植物吸收，使部分氮退出水体循环，进而能净化水质。