隧道采用新奥法施工，其防排水结合支护设计，视隧道水文地质条件，因地制宜地采取以排为主，防、截、排、堵相结合的综合治理原则，形成完整的排水系统，达到排水畅通、防水可靠、不留后患的目的。隧道防排水包括隧道施工中的洞内外临时防水与排水和洞内永久防水、排水工程以及防水层施工等的有关作业。施工中的防、排水工程与隧道竣工使用的排水工程相结合，并各成系统。
　　　杨公山隧道两侧设置高式排水边沟，以排除路面积水和衬砌围岩裂隙渗水，排水沟纵坡与隧道纵坡一致；在路面整平层下设置纵向排水盲沟，以防止地下水对路面的破坏，注意洞口处将盲沟内水横向引出路基之外。
杨公山隧道设计为复合式衬砌，洞内渗水的防水措施为：施工支护与二次衬砌之间设置夹层防水层，即由塑料排水板、土工布与橡胶防水板组成的防水层，作为第一道防水措施；拱部及边墙二次衬砌采用不低于防水等级S4的防水混凝土，作为第二道防水措施；在沉降缝处设置预埋式膨胀橡胶止水带、在施工缝处用BW—96Ⅱ遇水膨胀止水条止水；在施工缝、沉降缝外侧沿环向先满铺排水板，再全断面铺设土工布与橡胶防水板。洞内渗水的排水措施为：拱、墙背环向每10m设置一道φ50mm软式透水管，墙角纵向设置有孔波纹管盲沟，用横向泻水管把洞内裂隙渗水引入边沟。