考虑到隧道通风需要和在紧急情况下的疏散、救援需要，沙赫里斯坦隧道采用平行导洞送风型半横向式通风方案。原方案设计中共设置了15处横通道（其中5处横通道兼作隧道送风道），纵向设置间距300m，且全部按车行横通道设置。由于车行横通道与主洞和平行导洞正交，车辆利用横通道在紧急情况下疏散时的转弯半径不够，很难做到利用车行横通道疏散车辆。为降低工程造价，并考虑到隧道通风需要，在施工图设计阶段同意设置8处人行横通道和7处车行横通道（即人行横通道与车行横通道间隔设置，横通道纵向设置间距310m）。