地铁高速客运西站是轨道交通2号线和4号线的换乘站，且与国铁南昌西站合建。国铁出站厅位于负一层，与轨道交通2、4号线站厅位于同一标高，与轨道交通站厅合建，2号线车站站台层位于负二层，4号线车站站台层位于负三层，平面上2号线车站大部分位于国铁站房下方，另有部分分别位于南、北广场下方，4号线车站位于北广场下方。
根据地铁2号线线路方案，车站北端区间位于北广场下方，具备与广场同步实施的条件。北段区间起点距国铁滴水线约70m，区间长约355m，埋深约11～12m。