合作南隧道为一座左、右线分离的四车道高速公路中隧道。隧道起讫桩号YK97+380-YK98+080，长700米，ZK97+340-ZK98+020，长680米。隧道最大埋深55米。洞内纵坡为：左线纵坡2.95%，-2.0%；右线为2.95%，-1.65%。进口均采用削竹式洞门。隧址区属寒冷湿润型气候；垂直差异大，光照充裕，降水较多，长冬无夏，春秋短促。高原大陆性气候特点比较明显。年平均气温为1.5℃-4.8℃；1月平均气温-7.7℃--10.3℃；7月平均气温为12.6℃-15.9℃，历年极端最高气温可达30℃.历年极端最低气温-28.5℃.年平均降水量为516毫米，降水量的分布不均匀，且不稳定。